Instituuti juhib HTI Nõukogu, kes kannab hoolt õppetöö korralduse ning instituudi koolituste, kursuste ja loengute kvaliteedi eest. HTI areneb ja laieneb kiiresti ning Nõukogu oluliseks tööks on tegevussuundade määramine ja arengukavade kinnitamine.

HTI Nõukogus on kolm liiget: